L’Union européenne et la République de Djibouti travaillent ensemble à la stabilisation de la Corne de l’Afrique, notamment dans le cadre de l’AMISOM, de l’opération Atalante, et, jusqu’à récemment, de la mission Eucap Nestor. L’UE et Djibouti encouragent conjointement l’IGAD à devenir plus forte et plus efficace dans des domaines comme la paix et la sécurité et l’intégration régionale. 

Dans le cadre des réunions de dialogue politique prévues par l’article 8 de l’accord de Cotonou, mais aussi par des démarches et contacts divers, l’UE et ses États membres promeuvent à Djibouti les valeurs de démocratie, d’État de droit et de respect des libertés publiques. 

Djibouti participe aussi aux négociations entre l’UE et les pays d’Afrique orientale et australe en vue de créer un partenariat économique. Djibouti n’est pas signataire des accords de partenariat économique (APE) de l’UE, mais des discussions doivent être menées avec les États admissibles afin de les inciter à signer ces accords. 

Le gouvernement djiboutien a annoncé vouloir entreprendre une réforme des établissements publics pour améliorer leur efficacité sur le plan de la gestion économique et financière. Il s'agit, en particulier, de moderniser les règles de gouvernance des entreprises et des établissements publics (EEP), en renforçant l’autonomie de leur gestion dans une optique visant à la fois la transparence, l’efficacité et la responsabilité des organes de direction. 

Dans le cadre du projet PEPER, «Production d'Eau Potable par Dessalement et Énergie Renouvelable», la convention de financement prévoit un volet d’appui aux réformes sectorielles de l'eau et l'électricité. Ces réformes visent la viabilité technique et financière des deux EEP (Office National de l'Eau et de l'Assainissement de Djibouti - ONEAD et Électricité De Djibouti - EDD). Dans ce cadre, des audits organisationnels, techniques et financiers devraient être effectués.

Djibouti est membre de l’Organisation mondiale du commerce (OMC), et accorde au moins le traitement NPF - clause de la nation la plus favorisée : égalité de traitement pour les autres - à tous ses partenaires commerciaux. Le pays a pris des engagements en matière de commerce des marchandises et des services. Djibouti n’est signataire d’aucun des accords plurilatéraux de l’OMC. 

Depuis décembre 2013, lors de la Conférence ministérielle de Bali, les membres de l’OMC, dont Djibouti, ont conclu les négociations de l’accord sur la facilitation des échanges (AFE). Cet accord entrera en vigueur dès que les deux tiers des membres de l’OMC l’auront ratifié. L’AFE vise à accélérer la circulation des marchandises, y compris des marchandises en transit. Il prévoit notamment des mesures en vue d’une coopération plus effective entre les douanes et autres autorités compétentes. 

Autres accords et arrangements 

Djibouti est membre de l’IGAD, du COMESA et de l’Union africaine et participe aux initiatives africaines d’intégration à l’échelle continentale. Bien que Djibouti ait ratifié l’accord sur le système des préférences commerciales entre les États membres de l’Organisation de la coopération islamique, il n’a pas pris d’engagements importants pour démanteler ses barrières tarifaires ou non tarifaires. Djibouti est en train de négocier une zone de libre-échange sous la Ligue arabe.