Suuremat osa Euroopa välisteenistuse peakorteri igapäevasest tööst juhivad peasekretär ja asepeasekretärid.

Viis suurt osakonda hõlmavad maailma eri piirkondi – Aasia ja Vaikse ookeani piirkond, Aafrika, Euroopa ja Kesk-Aasia, Lähis-Ida ja Ameerika.