Timor-Leste assinou o Acordo de Cotonu em 2005. O acordo de parceria inclui membros do Grupo de Estados de África, das Caraíbas e do Pacífico (ACP), do qual Timor-Leste faz agora parte, bem como a União Europeia (UE) e os seus Estados-Membros.

Centra-se em três domínios principais:

• Cooperação política
• Cooperação para o desenvolvimento
• Cooperação económica e comercial 

O seu objetivo final é o de reduzir e, eventualmente, erradicar a pobreza e integrar os países ACP na economia mundial.

Além disso, dá especial ênfase à resolução de conflitos e à consolidação da paz.

Foram criadas várias instituições conjuntas destinadas a garantir a aplicação adequada do acordo:

• O Conselho de Ministros ACP-UE
• O Comité de Embaixadores ACP-UE
• A Assembleia Parlamentar conjunta

O acordo teve início em 2000 e está em vigor até 2020.

É realizado regularmente um Diálogo Político, conforme previsto no artigo 8.º do Acordo de Cotonu.

O Acordo de Parceria de Cotonu estabelece o quadro jurídico das relações comerciais entre a UE e Timor-Leste. Visa liberalizar as trocas comerciais entre ambas as partes, aumentando simultaneamente o desenvolvimento e o financiamento do desenvolvimento.

A UE melhorou o acesso de Timor-Leste ao seu mercado através da iniciativa Tudo menos Armas. Esta iniciativa concede pleno acesso, isento de direitos e sem contingentes, de todas as suas exportações ao mercado da UE, com exceção de armas e armamento.

A UE também desenvolveu um programa de formação abrangente para o Ministério do Turismo, do Comércio e da Indústria, ajudando os respetivos funcionários a lidarem de forma eficaz com questões relacionadas com o comércio.

Uma vez que Timor-Leste se encontra tão longe da UE, não existe um volume significativo de trocas comerciais entre ambos. Na verdade, Portugal é o único país da UE que realiza algum tipo de comércio com Timor-Leste.

A cooperação técnica e financeira é o principal componente do Acordo de Cotonu. Este último, válido durante 20 anos (de 2000 a 2020) está dividido em períodos de aplicação de 5-6 anos. Cada período é abrangido por uma dotação financeira global denominada Fundo Europeu de Desenvolvimento (FED). O fundo atual, que abrange o período de 2014-2020, é o 11.º FED. Ao abrigo deste fundo, é negociado, acordado e assinado um programa indicativo nacional (PIN) entre a UE e cada um dos países ACP que inclui um montante total. O PIN especifica os domínios prioritários a apoiar pela Comissão Europeia durante o período do 11.º FED.

Para Timor-Leste, o montante do 11.º FED é de 95 milhões de euros (equivalente a cerca de 110 milhões de dólares americanos). As intervenções do FED centrar-se-ão nos domínios seguintes, que são considerados vitais para o desenvolvimento sustentável e inclusivo do país:

1. Boa governação — através de reformas do sistema de gestão das finanças públicas, bem como de instituições de controlo e equilíbrio para assegurar uma execução e um acompanhamento eficazes e transparentes das políticas de desenvolvimento. Está previsto um montante de 30 milhões de euros, ou cerca de 32 % do PIN total, para iniciativas neste domínio;
2. Desenvolvimento rural — com ênfase específica no acesso rural, no desenvolvimento de competências nas zonas rurais em setores produtivos (produção e transformação agrícola, construção e manutenção de estradas) e na nutrição (com o objetivo de reduzir a insegurança alimentar e a subnutrição), para melhorar as oportunidades económicas e a prestação de serviços públicos. Está previsto um montante de 57 milhões de euros, ou cerca de 60 % do PIN total, para este domínio;
3. Medidas de apoio — para as quais estão reservados 8 milhões de euros, ou cerca de 8 % do PIN total. Incluem atividades destinadas a apoiar a programação, a preparação, a execução, o acompanhamento e a avaliação, bem como a visibilidade, da cooperação UE-TL, o apoio ao gestor orçamental nacional para garantir uma gestão eficaz do PIN, podendo também abranger um apoio limitado à adesão do país à ASEAN e o reforço da capacidade do governo para cumprir os seus compromissos no âmbito da ASEAN.

Destes 95 milhões de euros, já foi assinado, com o governo, um projeto no valor total de 5 milhões de euros, o Mecanismo de Apoio à Cooperação UE-TL. Dois outros projetos, no valor total de 57 milhões de euros, foram apresentados à Comissão Europeia para decisão durante o ano de 2016.