คณะผู้แทนคณะกรรมาธิการยุโรปประจำประเทศไทยเปิดตัวในปีพ.ศ. 2522 โดยตั้งแต่วันที่ 1 ธันวาคม พ.ศ. 2552 เมื่อสนธิสัญญาลิสบอนมีผลบังคับใช้ คณะผู้แทนคณะกรรมาธิการยุโรปได้เปลี่ยนชื่อเป็นคณะผู้แทนสหภาพยุโรปประจำประเทศไทย โดยสำนักงานคณะผู้แทนจะดำเนินงานครอบคลุมไปถึงประเทศกัมพูชา ลาว และพม่า ด้วย
คณะผู้แทนสหภาพยุโรปในกรุงเทพเป็นหนึ่งในคณะผู้แทนสหภาพยุโรปกว่า 140 แห่งทั่วโลก ภารกิจของคณะผู้แทนสหภาพยุโรปประกอบด้วย:
- ส่งเสริมความสัมพันธ์ทางการเมืองและเศรษฐกิจระหว่างประเทศไทยและสหภาพยุโรป โดยการรักษาสัมพันธภาพที่ครอบคลุมกว้างขวางกับหน่วยงานของรัฐและการสร้างความตระหนักเกี่ยวกับสหภาพยุโรป ตลอดจนสถาบันและโครงการของสหภาพ
- รายงานต่อสาธารณะชนเกี่ยวกับพัฒนาการของสหภาพยุโรป และอธิบายและตอบข้อโต้แย้งเกี่ยวกับนโยบายต่างๆของสหภาพยุโรป
- เข้าไปมีส่วนร่วมในการดำเนินงานโครงการความช่วยเหลือของสหภาพยุโรป