De meeste dagelijkse werkzaamheden op de zetel van de EDEO staan onder toezicht van de secretaris-generaal en de plaatsvervangende secretarissen-generaal.

Vijf grote departementen houden zich bezig met bepaalde gebieden in de wereld: Azië Stille Oceaan, Afrika, Europa en Centraal-Azië, het Midden-Oosten in ruimere zin en Noord- en Zuid-Amerika.