Vendi ishte kombi i parë i Ballkanit Perëndimor që nënshkroi një Marrëveshje Stabilizim-Asociimi (MSA) me BE-në, që hyri në fuqi në prill 2004. MSA-ja synon të liberalizojë tregtinë për 95% të eksporteve me BE-në.
Komisioni i Përbashkët Parlamentar i BE-së dhe ish-Republikës Jugosllave të Maqedonisë u krijua në vitin 2004. Komisioni shqyrton të gjitha aspektet e marrëdhënieve mes dy palëve, veçanërisht zbatimin e MSA-së.
Në dhjetor 2005, Republikës së Maqedonisë së Veriut iu dha statusi i vendit kandidat për anëtarësim në BE.
Në shkurt 2008, BE-ja miratoi Partneritetin e Anëtarësimit për vendin, i cili përditësonte marrëveshjen e mëparshme të Partneritetit Evropian të janarit 2006.
Qytetarëve të Republikës së Maqedonisë sl Veriut iu dha e drejta e udhëtimit pa viza në zonën Schengen në dhjetor 2009.