Las relaciones políticas entre Honduras, como parte de Centroamérica y la UE se rigen por el Acuerdo de Asociación, firmado en 2012 y que estableció tres pilares: el diálogo político, la cooperación y el comercio.
El Acuerdo de Asociación es el lazo institucional más importante que pueda establecer la UE con sus socios a nivel mundial. Este tipo de acuerdo está reservado a aquellos socios con los que la UE desea tener un lazo fuerte, a largo plazo, basado en la confianza mutua y en la defensa de valores y principios comunes.
Europa siempre ha tenido fuertes vínculos culturales, políticos e históricos con Honduras.
Desde la Declaración de Estocolmo de 1999, que cubría aspectos como la gobernanza, los derechos humanos y la eficacia de la ayuda, se han desarrollado planes de acción conjunta entre Honduras y sus donantes. Desde 2010, el Plan de Nación del gobierno de Honduras da un marco para coordinar todos los esfuerzos, y constituye la base del Programa Indicativo Plurianual. La base jurídica actual de cooperación entre Honduras y la Unión Europea es el Acuerdo Marco de Cooperación firmado en 1993 junto con otros países de América Central.