Os laços que unem a União Europeia e a República da Guiné-Bissau há mais de 40 anos são atualmente guiados pelos princípios e objetivos presentes no Acordo de Cotonu. Desde o ano 2005, este acordo governa as relações entra a UE e os países ACP (Africa, Caraíbas e Pacífico), cobrindo áreas como o diálogo político, o comércio e a cooperação para o desenvolvimento.
Os elementos de ação fundamentais incluem a erradicação da pobreza em consonância com os objetivos de desenvolvimento do Milénio, a democracia, o Estado de Direito, a boa governação, a defesa e o respeito pelos Direitos Humanos e as liberdades fundamentais.
Esta parceria da qual forma parte a República da Guiné Bissau fomenta igualmente a apropriação das ações por parte de cada parceiro nacional e a responsabilidade mútua, com vista a um desenvolvimento socioeconómico sustentável e abrangente.
Neste sentido, as atividades da União Europeia na Guiné Bissau em todas as áreas de interesse comum operam através de um diálogo contínuo com o governo e a sociedade civil. A UE organiza, por exemplo, formações para as organizações da sociedade civil sobre transparência no sector público e governação local, e sobre elaboração de propostas de projetos para Autoridades Locais, iniciativas de promoção dos Direitos Humanos, etc.
A Delegação da UE na Guiné Bissau apoia igualmente a integração regional e as relações económicas, políticas e de cooperação com a CEDEAO, a UEMOA, a CPLP, etc. Além disso, assegura as relações com as representações dos Estados-Membros da UE no país, nomeadamente em relação à Política Externa de Segurança Comum.