L'EMUE est dirigé par le directeur général (DGEMUE, général trois étoiles), qui est assisté par le directeur général adjoint et le chef d'état-major (DDG/COS, général deux étoiles/contre-amiral).
MISSION DE LA DIRECTION «CONCEPTION ET CAPACITÉ» (CON/CAP)
«Être responsable des concepts, de la doctrine, de la planification et du développement des capacités de l'EMUE, y compris les exercices de gestion de crise, la formation, l'analyse et les enseignements tirés, et de la coopération avec l'Agence européenne de défense. En ce qui concerne la planification de l'EMUE, assurer la cohérence entre les concepts militaires de l'UE et les procédures de gestion de crise».
MISSION DE LA DIRECTION «RENSEIGNEMENT» (INT)
«Fournir des renseignements pour assurer l'alerte rapide et l'évaluation des situations. Contribuer à la planification de l'EMUE en fournissant des renseignements et une expertise en matière de planification du renseignement. Fournir les renseignements nécessaires à la planification et à l'évaluation de la réaction aux crises pour les opérations et les exercices».
MISSION DE LA DIRECTION «OPÉRATIONS» (OPS)
«Planifier les opérations militaires menées par l'UE dans le cadre de la gestion des crises, ce qui comprend la planification stratégique des interventions en cas de crise après leur lancement, développer la planification stratégique d'anticipation et des interventions en cas de crise, y compris l'évaluation et la planification militaires précoces à l'appui d'une prise de décision éclairée; surveiller toutes les opérations PSDC et générer la capacité de planifier et de mener une opération autonome».
MISSION DE LA DIRECTION «LOGISTIQUE» (LOG)
«Servir de point de contact pour toutes les questions dans les domaines fonctionnels de la logistique, contribuer à la planification de l'EMUE en fournissant une expertise en matière de planification logistique, être responsable des concepts et de la doctrine logistiques, fournir l'élément logistique de la planification et de l'évaluation de la réaction aux crises pour les opérations et les exercices, et fournir un soutien administratif à l'EMUE».
MISSION DE LA DIRECTION DES «SYSTÈMES D’INFORMATION ET DE COMMUNICATION (SIC) & DE CYBERDÉFENSE»
«Contribuer à la capacité de planification centrale de l'EMUE en fournissant une expertise en matière de planification des SIC et de la cyberdéfense aux niveaux stratégique et opérationnel, élaborer le volet relatif aux SIC et à la cyberdéfense dans le cadre de la planification et de l'évaluation de la réaction aux crises pour les opérations et les exercices, et être responsable de la contribution de l'EMUE à l'élaboration de politiques et d'orientations pour la planification, la mise en œuvre, l’exploitation et la maintenance des systèmes d’information et de communication et des capacités de cyberdéfense, à l'appui des activités PSDC».
MISSION DE SYNCHRONISATION DU SOUS-CHEF D’ÉTAT-MAJOR
«Assister le chef d'état-major dans la coordination et la synchronisation des processus internes et des flux d'informations de l'EMUE, faciliter et canaliser le soutien que l'EMUE apporte au président du CMUE et l'aider dans la préparation et la gestion des réunions».
MISSION DES RELATIONS EXTÉRIEURES DU SOUS-CHEF D’ÉTAT-MAJOR
"Élaborer des politiques pour l'ensemble des relations extérieures de l'EMUE et maintenir leur dimension militaire en étroite coopération avec les directions chargées de la gestion du SEAE et la CMPD. Il s'agit de coordonner la coopération entre militaires avec les organisations internationales, les partenaires stratégiques, et les États tiers. Le bureau est également chargé de toutes les questions relatives à l'information du public et aux relations avec la presse, en étroite collaboration avec la division "Communication stratégique" du SEAE».
MISSION DE LA CELLULE UE AU SHAPE
«Préparer les opérations de l'UE ayant recours aux moyens et capacités communs de l'OTAN dans le cadre des arrangements “Berlin plus” et soutenir le DSACEUR dans son rôle de commandant d'opération dans l'éventualité d'une opération dirigée par l'UE. Elle contribue à une transparence totale entre l'OTAN et l'UE en donnant corps à leur partenariat stratégique en matière de gestion des crises».