La peculiaridad de una misión diplomática de la Unión Europea es que no representa a un país, sino a un conjunto de ellos. La Unión Europea no es una organización internacional asimilable, por ejemplo a las Naciones Unidas o a otros organismos regionales, sino un caso único de delegación de poderes de los Estados Miembros hacia organismos comunes. La Delegación de la UE es, por tanto, mucho más que una simple oficina de representación de una organización regional o de un organismo del sistema de Naciones Unidas.

Las  competencias delegadas por los 27 Estados miembros de la UE se traducen en políticas comunes, por ejemplo en el ámbito comercial, en el cual la Unión goza de una competencia exclusiva para negociar, concluir y administrar acuerdos con países que no pertenecen a la Unión, o en otros ámbitos como la agricultura, el transporte y muchos otros. En las relaciones con otros países, las Delegaciones de la UE vienen a asumir ese rol diplomático que para un país individual cubren las Embajadas.

En lo que respecta los programas de cooperación, en los cuales la Unión Europea se sitúa como líder entre los donantes a nivel mundial y, como unos de los principales donantes para El Salvador junto a los Estados miembros, la Delegación se configura como uno de los principales actores tanto en El Salvador como en la región de Centroamérica.

A partir del Tratado de Lisboa de la UE, que entró en vigor el 1 de diciembre de 2009, las Delegaciones de la Unión Europea son llamadas también a representar externamente a la Unión en el ámbito político, reemplazando el sistema de presidencia rotatoria. La Delegación cuenta con un Jefe de Misión con rango de Embajador, que ejerce de forma permanente la Presidencia de la Unión Europea en el país, donde existen cuatro embajadas residentes de Estados miembros (Alemania, España, Francia e Italia), con quienes la Delegación de la UE mantiene una cooperación y coordinación constantes.