Il trattato di Lisbona contiene due importanti innovazioni istituzionali che hanno ripercussioni importanti sull'azione esterna dell'UE. Istituisce infatti:
Nel novembre 2009, il Consiglio europeo ha nominato alto rappresentante dell'Unione per gli affari esteri e la politica di sicurezza Catherine Ashton, che a tale titolo presiede il Consiglio "Affari esteri". In quanto vicepresidente della Commissione europea, assicura inoltre il coordinamento e la coerenza dell'azione esterna dell'UE.
L'alto rappresentante è assistito dal Servizio europeo per l'azione esterna (SEAE). Il personale del SEAE proviene dalla Commissione europea, dal segretariato generale del Consiglio e dai servizi diplomatici degli Stati membri dell'UE.